故事是发生在Milo与Kida留在亚特兰提斯之後的事情几艘货船途经亚特兰提斯北方的海面遭受攻击,於是Milo 、Kida跟随来访的探险小组一同展开调查,却发现攻击者并不是机器龙虾,而是其他神秘的力量。渡过这次危机之後,Kida 为了找出魔幻水晶最适合的安排方式,便和 Milo 与探险队员踏上旅程,她要查出为何当初她父亲要把水晶隐藏起来,害他们的文明差点毁灭。他们也要做出决定,到底该把魔幻水晶拿来运用呢?还是将其永远隐藏起来?