电影《小小指挥家》的故事发生在出现老龄化社会问题、家业无人继承、旅游业日渐衰败的小渔村村民们唯一的业余乐趣就是欣赏交响乐演出，但乐团老指挥吉川去世后，村民们正面临着交响乐团解散的危机。此时，吉川的孙女、活跃在美国舞台上的天才少女美咲（有村架纯 饰）出现了。但她本人却矢口否认自己是指挥天才。从音乐大学毕业、现任乐团团员绿（释由美子 饰）坚持表示美咲是村民们的希望，努力把她拉进乐团……故事中所描绘的乐团团员们之间心灵的交流、村民们为振兴渔村所付出的努力以及少女成长的心灵轨迹是电影的精彩之处。