《海军罪案调查处：纽约》讲述资深探员山姆·汉纳结束海外秘密任务后，因好友、海 军预备役军人杰克突然死亡，返回故乡纽约调查。他不相信好友死于自杀，向纽约分局主管罗宾申请参与办案，并与行事不拘一格的尼克·谢弗组成搭档。随着调查深入，两人发现命案背后牵涉海上走私。山姆也逐渐融入由年轻探员艾迪、怀亚特及黑客出身的技术专家肖恩组成的新团队。在保护纽约及其重要港口的高风险任务中，众人必须磨合各自的办案方式，而山姆则重新寻找故乡的归属感。